Năm 1939, khi Chiến tranh thế giới thứ hai bùng nổ, người Đức tập trung những người Do Thái gốc Ba Lan về khu tập trung người Do Thái Kraków. Oskar Schindler, một doanh nhân người Đức tới thành phố này với mục đích kiếm tiền từ lao động Do Thái. Là một thành viên của Đảng công nhân Đức Quốc xã, Schindler tìm cách tiếp cận và làm quen với các sĩ quan cao cấp của Wehrmacht (lực lượng vũ trang Đức) trong các bữa tiệc. Sau đó, ông mua lại một nhà máy sản xuất đồ dùng gia đình tráng men.

Để giúp ông quản lý doanh nghiệp, Schindler tìm tới sự giúp đỡ của Itzhak Stern, một viên chức của Judenrat trong cộng đồng người Do Thái khi đó. (Judenrat - một hội đồng gồm 24 người Do Thái, do Đức Quốc xã lập ra với mục đích quản lý chính người Do Thái thay họ). Itzhak Stern có mối quan hệ với những người buôn bán ngoài chợ đen và cộng đồng kinh doanh của người Do Thái. Stern giúp Schindler phân phối các khoản vay để cung cấp kinh phí cho nhà máy hoạt động, đồng thời ông cũng mua được nhiều loại hàng hóa thông qua các đầu mối chợ đen của người Do thái. Mặt khác, Schindler vẫn giữ mối quan hệ tốt đẹp với các sĩ quan Đức Quốc xã, đút lót họ bằng tiền và các sản phẩm tráng men của nhà máy. Ông có cuộc sống giàu sang với địa vị của một "Herr Direktor" - giám đốc, còn Stern lo công việc quản lý và kế toán. Schindler thuê công nhân người Do Thái vì đây là nguồn lao động rẻ mạt, còn Stern có nhiệm vụ làm giả các giấy chứng nhận "lao động thiết yếu", để tuyển dụng lao động cho nhà máy. Điều này cũng sẽ giúp những người Do Thái tránh khỏi việc bị chuyển tới các trại tập trung hoặc bị giết.

Tuy nhiên, những biến cố bắt đầu xảy ra khi tốp công nhân của Schindler đang trên đường đi làm, một chiếc xe tải của quân đội Đức chở cuốc xẻng đến và bắt những người này xúc tuyết dọn đường thay vì đến nhà máy. Lính Đức bắn chết tại chỗ một cụ già cụt tay, với lý do thấy ông không đủ sức làm việc. Schindler có cuộc gặp với một sĩ quan quân đội để khiếu nại. Nhưng ông cũng dần nhận ra những mâu thuẫn giữa tư tưởng của bản thân (coi trọng người Do thái) và Đảng Quốc xã (bài trừ Do Thái). Thậm chí tay sĩ quan còn ngầm cảnh báo Schindler một điều: nhân từ với người Do Thái sẽ là phản quốc. Sau sự việc đó, nhân công ở nhà máy bắt đầu bị xáo trộn. Stern bị bắt lên tàu để chuyển đi nơi khác. May mắn Schindler đến kịp thời và dựa vào mối quan hệ của ông để "giải cứu" Stern về nhà máy.

Sĩ quan SS Amon Goeth - Trại trưởng trại tập trung đến Kraków để trông coi việc xây dựng trại tập trung Płaszów. Amon Goeth khi mới đến đã tuyển dụng một người hầu gái cho hắn - Helen Hirsch. Cùng lúc đó, Nữ đốc công - kỹ sư xây dựng đến giải thích cho Amon về việc ngôi nhà đang thi công phải làm lại móng nếu không sẽ bị lún và đổ sập. Sau khi nghe cô trình bày, Amon xem xét rồi ra lệnh cho một tên lính xử tử cô ngay tại chỗ, rồi hắn ra lệnh thi công lại như những gì cô đã nói.

Với mục đích khi xây xong trại Plaszow, hắn yêu cầu thanh lý toàn bộ khu tập trung người Do Thái cũ. Sau khi đọc bài "diễn văn" về lý do thanh lý Krakow - nơi người Do Thái đã sinh sống và thịnh vượng 600 năm - biến vùng đất này thành quá khứ. Rất nhiều người đã bị bắn giết trong quá trình thanh lọc và di dời khu nhà ở. Một số tìm cách ẩn nấp trong các vị trí bí mật, một số tự tử để khỏi bị thảm sát đau đớn. Schindler chứng kiến toàn cảnh thảm sát và bị ảnh hưởng mạnh mẽ. Ông đặc biệt chú ý tới một bé gái mặc áo choàng đỏ – một trong những mảng màu hiếm hoi của bộ phim đen trắng – khi em chạy trốn khỏi bọn Đức Quốc xã. Trong một buổi sáng, Amon đứng trên ban công và cầm súng bắn ngẫu nhiên những người trong trại tập trung như một thú tiêu khiển.

Schindler sau đó trở nên cẩn trọng và cố gắng giữ quan hệ với Goeth. Cùng với những khoản đút lót và quà cáp hậu hĩnh, ông tiếp tục nhận được sự ủng hộ của bọn sĩ quan. Schindler tìm cách tiếp cận Goeth với mục đích xoa dịu sự khát máu của hắn, đồng thời cũng là để cứu nhà máy của ông khỏi cảnh không nhân công. Ông cũng hối lộ Goeth để hắn cho phép tiếp tục duy trì một xưởng chế tạo nhỏ.

Mặc dù Goeth rất máu lạnh và bắn giết người tùy hứng, nhưng hắn lại có tình cảm đặc biệt với cô hầu gái riêng của mình - Helen. Trong một lần gặp cô dưới hầm, Schindler cũng nhận ra điều này và nói cho Helen biết. Trong lễ sinh nhật của mình, Schindler đã ôm hôn một cô gái Do Thái, điều này vi phạm nghiêm trọng chế độ bài Do Thái của Đức Quốc xã, khiến ông phải vào tù.

Thời gian trôi qua, mối quan tâm của Schindler dần chuyển từ kiếm tiền sang tìm cách cứu người Do Thái.

Khi người Đức bắt đầu đối mặt với những thất bại từ chiến tranh, Goeth được lệnh đưa những người Do Thái còn lại ở Płaszów tới trại tập trung Auschwitz - để thực hiện cái gọi là "Giải pháp cuối cùng" (từ lóng để chỉ việc giết toàn bộ người Do Thái bằng hơi độc). Đồng thời, cấp trên cũng ra lệnh cho Amon Goeth phải đào bới toàn bộ các thi thể đã chôn và hỏa thiêu, nhằm xóa mọi dấu vết khi quân Đồng Minh đến. Khi chứng kiến em bé mặc váy đỏ (đoạn đầu phim) nằm trên xe đẩy chở xác, ông đã bị sốc nặng. Một khung cảnh vô cùng bi thảm diễn ra, khi hàng nghìn thi thể bị khai quật và đốt cháy, tro cốt bay phủ cả vào thành phố. Một lính Đức phụ trách công việc hỏa thiêu cũng gần như phát điên khi chứng kiến những gì đang diễn ra.

Amon Goeth sau đó thông báo việc sắp xếp các chuyến tàu chở người Do thái còn lại đến Auschwitz trong khoảng 1 tháng tới.

Itzhak Stern khuyên Schindler từ nay hãy thuê nhân công Ba Lan, tuy có đắt hơn Do Thái, nhưng sẽ không bị giết hại như người Do Thái. Khi Stern hỏi ông sẽ làm gì sau khi người Do Thái bị giết, Schindler trả lời: "Ông chính là việc của tôi cần làm".

Schindler sau đó xin Goeth, cho phép ông đưa công nhân của mình tới một nhà máy đạn dược mới mà ông dự định xây dựng ở quê nhà Zwittau-Brinnlitz - Tiệp Khắc. Goeth đồng ý, nhưng đòi hỏi một khoản hối lộ lớn tính theo đầu người. Schindler và Stern cùng nhau lập ra một bản danh sách những người được chọn - "Bản danh sách của Schindler" – một danh sách những người sẽ được chuyển tới Brinnlitz và do đó thoát khỏi Auschwitz. Ngay sau khi hoàn thành, Itzhak Stern nói: bản danh sách này chính là cuộc sống, tất cả những thứ ngoài lề giấy này là vực thẳm.

Schindler cũng không quên để dành một chỗ trống ở cuối danh sách để bổ sung một người cuối cùng. Ông đến gặp Goeth và đề nghị hắn cho điền tên Helen Hirsch vào đó. Amon Goeth ngay lập tức từ chối (ngay cả khi Schindler đề nghị với giá cao gấp nhiều lần người khác), và nói hắn sẽ mang Helen theo và sống đến già. Nhưng Goeth thừa biết hắn không thể làm điều đó. Cuối cùng Goeth đồng ý nhận tiền và để Helen ra đi.

Phần lớn những người trong danh sách được chuyển đến Zwittau-Brinnlitz như dự định, một chuyến tàu hỏa chở phụ nữ và trẻ em vô tình bị chuyển hướng thẳng tới Auschwitz. Schindler đã phải đến tận nơi hối lộ sĩ quan chỉ huy ở Auschwitz một túi kim cương để hắn thả người của ông. Tại nhà máy mới, Schindler cấm binh lính SS vào khu sản xuất, cấm hoàn toàn chuyện giết chóc và đánh đập, khuyến khích người Do Thái làm lễ Shabbat. Để đảm bảo cuộc sống cho các công nhân của mình, dù công ty trên danh nghĩa sản xuất vỏ đạn và hầu hết không đạt tiêu chuẩn, ông dùng tài sản để hối lộ cho các sĩ quan Đức Quốc xã và mua vỏ đạn từ các công ty khác; bản thân công ty ông không sản xuất một thứ vũ khí nào dùng được trong suốt bảy tháng hoạt động. Nhà máy của Schindler dần cạn kiệt gia sản vào năm 1945, cũng đúng lúc này quân Đức tuyên bố đầu hàng vô điều kiện, kết thúc chiến tranh ở châu Âu.

Ngay trong đêm đó, Schindler tập hợp công nhân để từ biệt. Ông tự nhận mình bây giờ đã là tội phạm, vì là Đảng viên của Đức Quốc xã, nhà sản xuất vũ khí, kẻ lợi dụng sức lao động của tù nhân, và buộc phải chạy trốn để tránh bị Hồng Quân bắt giữ. Các binh lính SS trong nhà máy, nhận được lệnh giết hết người Do Thái ở đó trước khi đi, nhưng Schindler thuyết phục chúng đừng làm vậy để chúng có thể "trở về gia đình với tư cách những người đàn ông, chứ không phải những kẻ giết người". Ông nói lời tạm biệt với các công nhân của mình và chuẩn bị đi về phía Tây, hi vọng được đầu hàng người Mỹ. Các công nhân đưa cho Schindler một tờ giấy xác nhận có chữ ký của tất cả họ, công nhận rằng ông là người đã cứu sống những người Do Thái, cùng với một chiếc nhẫn khắc câu nói của người Talmud: "Whoever saves one life saves the world entire". (Ai đã cứu sống một người thì người đó cũng đã cứu cả thế giới này). Schindler cảm động trước tấm lòng của họ nhưng cũng vô cùng xấu hổ, vì ông cho rằng đáng lẽ mình có thể làm được nhiều hơn thế. Khi những người Schindlerjuden (người Do Thái của Schindler) tỉnh dậy vào sáng hôm sau, một người lính Xô Viết xuất hiện thông báo rằng họ đã được phóng thích. Những người Do Thái rời nhà máy và tiến đến một thị trấn gần đó.

Sau một số cảnh miêu tả cuộc hành quyết Goeth và tóm tắt cuộc đời của Schindler sau chiến tranh, bộ phim đen trắng chuyển sang một cảnh có màu, quay những người Schindlerjuden thực sự tại ngôi mộ của Schindler ở Jerusalem. Với sự đồng hành của các diễn viên đóng vai họ, những người Schindlerjuden đặt các hòn đá lên nấm mộ. Trong cảnh cuối cùng của phim, Liam Neeson đặt một cặp hoa hồng trên mộ Schindler.